DNA polymorfismy u ledvinných onemocnění
Mondry A, Loh M, Laurence KB, Low N. DNA polymorphisms and renal disease: a critical appraisal of studies presented at the annual ERA/EDTA and ASN conferences in 2004 and 2005. Nephrol Dial Transplant 2006;21:2775–2779.
Autoři předložili v článku kritickou analýzu studií, zabývajících se DNA polymorfismy u ledvinných onemocnění, prezentovaných na konferencích ERA/EDTA a ASN v letech 2004 a 2005.
Znalost a správná interpretace lidské genomové sekvence je klíčem k hlubšímu pochopení patofyziologických procesů a případně k rozvoji nových a účinnějších druhů léčby. Během posledních několika dekád byly učiněny mnohé pokusy o nalezení spojitosti mezi DNA polymorfismy a některými nemocemi s komplexním genetickým podkladem. Kauzální vazba však nebyla nalezena. Z tohoto důvodu odmítla Americká nefrologická společnost (ASN) zařadit do oponentního řízení k publikaci práce, které neodpovídají souhrnu kritérií, vyžadovaných pro určení vazby mezi genem a nemocí (viz tab.). Journal of ASN (JASN) je v současné době jedním z mála časopisů, které se řídí požadavky na tuto oblast výzkumu, tak jak byly neformálně projednány a navrženy koncem předchozí dekády (Anonymous, 1999). Nerespektování požadavků na kvalitu studií způsobuje problémy na různých úrovních. V první řadě stojí výzkum čas a peníze. Za druhé, ačkoli výsledky u řady prací jsou následně zpochybněny a odvolány, zůstávají práce nezřídka v oběhu a jsou dále citovány (Budd, 1998). Za třetí, případná aplikace nesprávné prognózy v klinické praxi může poškodit pacienta.
Ačkoli se s výše uvedenými obtížemi potýkají i další lékařské disciplíny, představuje monitorace procesů a metod molekulární biologie v nefrologii zvláště zajímavé téma. S cílem zjistit, do jaké míry jsou v oblasti nefrologie naplňovány normy kvality kladené na vazebné studie, byla uskutečněna analýza abstraktů prací prezentovaných na každoročních konferencích ASN a Evropské renální společnosti/Evropské dialyzační a transplantační společnosti (ERA/EDTA) v letech 2004 a 2005. Byly vyhledány a hodnoceny práce zabývajících se tématy „gen“ a „polymorfismus“, a to s ohledem na skutečnost, nakolik by vyhovovaly kritériím pro uveřejnění v JASN (tab.). V roce 2004 byly nejčastěji studovány geny kódující proteiny systému renin-angiotensin-aldosteron či geny kódující látky účastnící se zánětlivých procesů. Analyzované soubory (včetně kontrolních skupin) byly málo početné a obsahovaly v průměru 245 členů (resp. 185 – při vyřazení několika studií obsahujících extrémní hodnoty, tj. např. při velikosti souboru přesahující 1 SD proti průměrné velikosti souboru). V 31 studiích bylo hodnoceno méně než 100 osob dohromady. Pouze v 17 studiích ze 107 (16 %) byla splněna sekundární kritéria, takže by pouze tento podíl mohl být zařazen do review procesu k publikaci v JASN. V roce 2005 se průměrný počet členů souborů zvýšil na 354 (resp. na 276 – při vyřazení několika „extrémních“ studií). Méně než 100 osob v analyzovaných soborech bylo přítomno ve 13 studiích. Sekundární kritéria k publikaci v JASN splňovalo 38/77 (49 %) studií.
Gen-vazebné studie – iluze možného vysvětlení? Již od sklonku 18. století se při diskusích o podstatě onemocnění brala v úvahu představa o jejich možném dědičném podkladu. Významu vybraných genotypů u konkrétních onemocnění je věnována pozornost nadále, i když popularita tohoto tématu je patrně za svým zenitem. Zatímco v roce 2004 byla na významných nefrologických konferencích prezentována 2 % gen-vazebných prací, klesl tento podíl o rok později na 1,4 %. Ve stejnou dobu se zvýšil významně počet prací, které splnily sekundární požadavky (dle kritérií JASN). Obtížněji však lze doložit, nakolik se podařilo zajistit plnění primárních požadavků. Jedním z největších nedostatků u gen-vazebných studií bývá nedostatečná velikost souboru. Není-li známa frekvence výskytu minoritní alely u kandidátního genu, představuje požadovaný počet testovaného souboru 239 členů a kontrolní soubor rovněž dalších 239 členů, za předpokladu snahy o testování s 80% statistickou významností při 5% hladině významnosti (Mondry, 2005). Vezmeme-li v úvahu, že po vyřazení „extrémních“ studií (tedy studií ležících např. z hlediska velikosti souboru výrazně mimo průměr) se průměrná velikost souboru (včetně kontrolní populace) skládala v roce 2004 ze 185 osob a v roce 2005 z 276 osob, je zřejmé, že požadavky na adekvátní velikost souboru byla splněna pouze z 38 %, resp. 58 %. Statistická síla byla u takto malých souborů nepřijatelně snížena. Možných východisek k řešení této situace je několik: tlak na dodržení přísných kritérií pro publikaci gen-vazebných studií, registrace probíhajících gen-vazebných studií, vytváření metaanalýz, zapojení se do recentních výzkumných iniciativ mířených na spolupráci v rámci gen-vazebných studií (např. Renal Genome Network).
Komentář
- Prof. MUDr. Miroslav Merta, CSc., Ph.D., Lékařská fakulta v Hradci Králové
Literatura
- Brenchley PE, Lindholm B, Dekker FW, Navis G. Translating knowledge of the human genome into clinical practice in nephrology dialysis and transplantation: the renal genome network (ReGeNet). Nephrol Dial Transplant 2006;21:2681–2683.
- Budd JM, Sievert M, Schultz TR, Scoville C. Effects of article retraction on citation and practice in medicine. Bull Med Libr Assoc 1999;87:437–443.
- Freely associating. Nat Genet 1999;22:1–2.
- Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001;409:860–921.
- Mondry A. Studies on genes and hypertension. J Hypertens 2005;23:2109–2110.
- Kategorie: Komentované články
- Klíčová slova: genetika
Díky zmapování lidského genonomu v roce 2001 byl zjištěn počet genů, jejich vzájemné umístění na chromosomech a také přehled o sekvencích nukleotidů v lidském organismu (Lander, 2001). Navzdory tomuto nepopiratelnému epochálnímu úspěchu na poli genetiky, nebylo dosud možno v širším měřítku využít získané poznatky pro dosažení kvalitativního zlomu v léčbě. Pokud bychom se omezili pouze na dvě možné aplikace – specifickou (kauzální) léčbu hereditárních onemocnění či léčbu upravenou po stránce genetické na míru konkrétního pacienta – jsou dosavadní pokroky v této oblasti skrovné.
U chorob, které jsou kódovány jedním genem, se podařilo dosáhnout zřetelnějších úspěchů než ve skupině chorob s komplexním genovým pozadím. Bohužel vývoj chronického onemocnění ledvin a jeho progrese do stadia nezvratného selhání ledvin mají rysy multifaktoriálního postižení, při němž se uplatňují vlivy různých genů a vlivy zevního prostředí ve vzájemné interakci. Brenchley a spol. (Brenchley, 2006) ve svém komentáři cíleném na problematiku přenosu poznatků získaných při objevu lidského genomu do klinické (nefrologické) praxe navrhují tři klíčové oblasti, na které je třeba se zaměřit:
Pokud bychom chtěli vyvodit závěry z komentovaného článku i z komentáře Brenchleye a spol. uveřejněného ve stejném čísle NDT, je nepochybné, že při výzkumu genetického podkladu renálních chorob stojíme na určitém rozcestí. Období gen-vazebných studií, snažících se nalézt spojitost mezi nejrůznějšími renálními onemocněními a konkrétními geny nebylo korunováno žádnými jednoznačnými výsledky a skončilo určitou frustrací. Na podkladě poznatků získaných z průběhu těchto výzkumných projektů vyplývá, že v další fázi výzkumu bude třeba respektovat a podřídit se požadavkům na obecně vyšší kvalitu studií. V této kategorii jsou zahrnuty nejen požadavky na to, aby případná zjištěná vazba onemocnění na konkrétní gen (resp. genový polymorfismus) byla konfrontována s nálezy vztahujícími se k funkci daného genu či genového polymorfismu (tj. funkcí genového produktu či expresí genu), ale samozřejmě také požadavky na přiměřenou velikost souboru. Je nepochybné, že uspět lze za této situace především navázáním užší spolupráce s dalšími výzkumnými týmy, tak jak je to např. navrženo v rámci programu ReGeNet.